Les limites des biotechnologies dans la conservation des espèces : le cas de la modification génétique du microbiome des abeilles mellifères

Depuis plusieurs mois, POLLINIS et ses alliés défendent l’instauration d’un moratoire, pour suspendre l’usage de techniques de modification génétique, comme la biologie de synthèse, dans la protection de la nature. En octobre 2025, lors du Congrès mondial de l’UICN (Union internationale pour la conservation de la nature), une motion portant ce moratoire a été rejetée à seulement deux voix près. Depuis, l’ONG poursuit son travail de sensibilisation aux nombreux risques que font peser ces nouvelles technologies sur l’environnement, la biodiversité et les peuples autochtones.

 

Dans ce contexte, cet article explore les limites de ces outils appliqués aux abeilles mellifères. En effet, des entreprises développent actuellement des solutions génétiques présentées comme capables de lutter contre des parasites de l’abeille domestique, en modifiant leur microbiome. Une technologie préoccupante, qui pourrait remplacer des solutions déjà bien connues et éprouvées pour lutter contre le développement des bactéries : la diversification des ressources florales, la régulation de la densité des ruches ainsi que la protection des pollinisateurs sauvages.

 

Cet article est une traduction française, cliquez ici pour consulter l’article original en anglais.

L’abeille mellifère (Apis mellifera) existe à la fois dans des colonies domestiques et sauvages. Elle joue un rôle important dans la pollinisation des cultures agricoles, mais aussi des paysages naturels. La domestication de l’abeille mellifère est une des formes d’élevage les plus répandues et les plus intensives au monde, pratiquée pour le miel, la cire et surtout pour le rôle de cette espèce en tant que pollinisatrice dans la production alimentaire. Comme tous les pollinisateurs, les populations d’abeilles mellifères sauvages fournissent aussi des « services » de pollinisation, mais elles sont également essentielles au maintien de la diversité génétique d’Apis mellifera, notamment à la conservation des sous-espèces locales et de leur génotype.

Contrairement à certaines de ses cousines sauvages, l’abeille mellifère domestique n’est pas menacée d’extinction. L’intérêt de développer des stratégies de conservation de l’espèce ne réside donc pas dans le fait de garantir sa survie, mais dans les profondes répercussions écologiques et économiques que son activité peut avoir, ainsi que dans la manière dont elle interagit avec les environnements sauvages et les influence.

La modification génétique : une solution pour protéger les abeilles mellifères ?

Les abeilles mellifères occupent des paysages variés, allant des terres agricoles aux habitats semi-naturels, où elles cohabitent souvent avec des milliers d’espèces d’abeilles sauvages et d’autres pollinisateurs. Ces pollinisateurs sont soumis à de fortes pressions dues à la perte de leur habitat, à la pénurie alimentaire, à l’utilisation des pesticides et aux maladies. Les abeilles mellifères, sauvages ou domestiques, agissent comme des réservoirs mobiles d’agents pathogènes et de concurrents pour les ressources florales. À ce titre, elles jouent un rôle de vecteurs écologiques : ce qui affecte les abeilles mellifères ne se limite pas aux ruches ou aux colonies sauvages, mais peut se propager à des écosystèmes beaucoup plus vastesKeller, A., et al., (More than) Hitchhikers through the network: the shared microbiome of bees and flowers. Lignon, V., et al., The floral interface: a playground for interactions between insect pollinators, microbes, and plants..

Dans ce contexte, la modification génétique est présentée comme une solution permettant de protéger les colonies d’abeilles mellifères domestiques des agents pathogènes, par le biais de plusieurs outils : les pulvérisations d’ARN interférent (ARNi), les vaccins, l’édition du génome grâce à l’outil CRISPR-Cas9, ou encore la paratransgénèse Kwong, W. and N. Moran, Gut microbial communities of social bees., qui consiste à modifier des symbiotes intestinaux. En ciblant le microbiome des abeilles mellifères, ces outils visent à influencer la santé, le développement, la physiologie et le comportement des abeilles, et dans certains cas à atténuer leur exposition aux pesticides. 

Mais l’introduction d’aliments ou de micro-organismes génétiquement modifiés dans les systèmes apicoles ne peut être considérée comme une mesure isoléeBoëte, C., Gene drives, species complexes, and the risks of collateral damage.. Les abeilles mellifères étant profondément intégrées dans les communautés de pollinisateurs sauvages et les réseaux botaniques, toute intervention sur leur biologie risque d’avoir des répercussions en cascade sur des écosystèmes plus vastes.

La modification génétique des abeilles à l’épreuve des faits

La modification génétique du microbiome des abeilles mellifères est souvent décrite comme un « cheval de Troie ». En effet, elle consiste à modifier les bactéries intestinales de l’espèce afin qu’elles produisent des molécules toxiques pour le Varroa destructor, un acarien parasite qui entraîne le développement de malformations et accroît la mortalité des abeilles, ou pour le Nosema ceranae, un champignon parasite qui réduit également leur durée de vieHuang, Q., et al., Engineered gut symbiont inhibits microsporidian parasite and improves honey bee survival.Leonard, S., et al., Engineered symbionts activate honey bee immunity and limit pathogens..

Même si des études en laboratoire ont démontré la faisabilité théorique de ces solutions, aucune dissémination dans la nature n’a encore été autorisée. Car, en réalité, ces technologies posent de nombreux défis techniques :

• Complexité du microbiome : la communauté microbienne intestinale des abeilles mellifères est diversifiée et varie en fonction de l’âge, de la saison, du régime alimentaireEllegaard, K. and P. Engel, Genomic diversity landscape of the honey bee gut microbiota., de l’exposition aux pesticides Kwong, W. and N. Moran, Gut microbial communities of social bees. et du contexte paysager (urbain ou rural)Rüstemoğlu, M., Next Generation Sequencing of Bee Gut Microbiota in Urban and Rural Environments.Soares, K., et al., Comparing the impact of landscape on the gut microbiome of Apis mellifera in Atlantic Forest and Caatinga Biomes.. Les souches génétiquement modifiées doivent s’intégrer sans perturber cet équilibre. Des études comparatives sur le terrain démontrent que le contexte environnemental (paysages naturels ou anthropisés) influe considérablement sur la composition du microbiome, or les conditions simplifiées des laboratoires négligent des facteurs écologiques clésGorrochategui-Ortega, J., et al., A short exposure to a semi-natural habitat alleviates the honey bee hive microbial imbalance caused by agricultural stress.. De même, les recherches sur le microbiome des abeilles mellifères soulignent l’influence du comportement de l’espèce, de son environnement et de son contexte social sur la composition de sa communauté microbienne, soulignant que les études en laboratoire ne peuvent à elles seules saisir pleinement ces dynamiquesNguyen, P. and S. Rehan, Integrating behaviour and microbiomes into considerations of bee health. . Dans l’ensemble, cette complexité compromet la faisabilité d’une approche « universelle » et permet d’expliquer pourquoi les succès des modifications génétiques obtenues en laboratoire peuvent ne pas se traduire dans les colonies réelles.

• Risques de propagation : Bien que certaines bactéries intestinales (par exemple Snodgrassella) soient largement spécifiques à leur hôte, leur transmission au sein des colonies et des ruchers est presque certaineKwong, W. and N. Moran, Gut microbial communities of social bees., et leur propagation à d’autres insectes, comme les abeilles sauvages, ne peut être exclue. Les fleurs partagées entre différents pollinisateurs offrent un accès direct aux écosystèmes sauvages et servent de plaque tournante pour les micro-organismes, en tant qu’interface entre les insectes et les microbes Lignon, V., et al., The floral interface: a playground for interactions between insect pollinators, microbes, and plants.. Bien que des outils de bioconfinement soient en cours de développement, les études soulignent qu’aucun système de confinement n’est totalement infaillibleKim, D. and J. Lee, Genetic Biocontainment Systems for the Safe Use of Engineered Microorganisms..
• Développement de résistances : Comme pour les pesticides chimiques, une utilisation répétée de ces outils de modification génétique du microbiome pourrait favoriser la résistance des parasites et des agents pathogènes, réduisant ainsi l’efficacité à long terme de cette technologie. Contrairement aux produits chimiques, les micro-organismes génétiquement modifiés peuvent persister et évoluer de manière indépendante une fois libérés dans l’environnement.
• Des enjeux écologiques : Les abeilles mellifères butinent dans les terres agricoles, les prairies et les zones protégées. Elles partagent les ressources florales avec les pollinisateurs sauvages et agissent comme vecteurs d’agents pathogènes et de microbes. Toute modification génétique de leur biologie est susceptible d’avoir des répercussions sur des écosystèmes plus vastes. Des recherches montrent que les abeilles et les fleurs partagent un microbiome commun, les fleurs agissant comme des centres d’échanges microbiens qui influencent la chimie, le parfum et la fréquentation des pollinisateurs Adler, L., et al., Floral traits affecting the transmission of beneficial and pathogenic pollinator-associated microbes.. L’application de la biologie de synthèse risque de perturber les microbiomes floraux, d’altérer les interactions entre les plantes et les pollinisateurs et de permettre le transfert de caractères génétiques modifiés. De tels changements pourraient faciliter la propagation d’agents pathogènes et aggraver les maladies chez les pollinisateurs sauvages.

Des technologies qui dépassent les frontières

Les abeilles ne connaissent pas de frontières. Elles butinent dans les zones agricoles et les zones protégées, dérivent entre les ruchers et font l’objet d’un commerce international. Cela pose deux défis interdépendants en matière de gouvernance :

• Un risque de propagation physique transfrontalière. Les abeilles porteuses de microbes génétiquement modifiés peuvent franchir les frontières nationales, ce qui signifie qu’une dissémination dans un territoire pourrait affecter les pollinisateurs, les plantes et les écosystèmes d’un autre pays. Ces mouvements transfrontaliers soulèvent des questions de responsabilité, de notification et de consentement dans le cadre des dispositifs existants de biosécurité et de gouvernance environnementale.
• Le possible franchissement des frontières réglementaires. La modification génétique du microbiome brouille les catégories réglementaires établies, telles que « utilisation confinée » par opposition à « dissémination volontaire », ou « produit vétérinaire » par opposition à « pesticide ». Les cadres juridiques existants n’ont pas été conçus pour les organismes pouvant potentiellement s’auto-propager et s’auto-disséminer, ce qui crée des lacunes importantes dans la surveillance réglementaire.

En 2025, le Groupe technique spécial d’experts sur l’évaluation des risques (AHTEG) a confirmé que les micro-organismes relèvent du champ d’application du Protocole de Carthagène sur la prévention des risques biotechnologiques, en tant que produits issus de la biotechnologie moderne. Toutefois, le rapport identifie également des défis techniques et réglementaires importants spécifiques aux micro-organismes. Les micro-organismes génétiquement modifiés peuvent avoir des effets néfastes sur la biodiversité et les écosystèmes, et peuvent également avoir des effets indirects sur la santé humaine. L’AHTEG indique que les micro-organismes posent de multiples défis au Protocole de Carthagène et que des orientations supplémentaires sont donc nécessaires. 

Selon l’AHTEG : « Les défis pourraient concerner la biologie microbienne, l’écologie microbienne, la persistance, la modification génétique, la disponibilité des données, le suivi et la surveillance, le confinement et la gestion des risques, ainsi que le manque d’expérience en matière de dissémination dans l’environnement de micro-organismes vivants modifiés. »

Ces caractéristiques posent des problèmes fondamentaux reconnus par les membres du Protocole de Carthagène, qui ont demandé l’élaboration de directives supplémentaires, ainsi que par le groupe d’experts, qui a convenu que ces organismes soulèvent des risques nouveaux qui ne sont pas suffisamment pris en compte par les méthodes actuelles d’évaluation des risques Brewer, A., D. George, and E. Frow, Emerging governance considerations for the deployment of genetically engineered microbes.. La capacité inhérente aux micro-organismes à persister, à évoluer et à franchir les frontières nationales amplifie encore ces préoccupations et souligne la nécessité d’une prudence accrue.

En réponse, des discussions sont en cours afin d’élaborer de nouvelles orientations qui seront examinées et éventuellement adoptées lors de la COP17, qui se tiendra en Arménie en 2026. Toute recommandation de ce type doit être fermement fondée sur le principe de précaution et reconnaître explicitement les incertitudes profondes qui empêchent actuellement toute évaluation complète et fiable des risques de ces technologies. Ces défis sont aggravés par des questions de consentement et de contrôle, compte tenu du caractère auto-propagateur et potentiellement auto-disséminateur des micro-organismes, questions qui peuvent remettre en cause les hypothèses réglementaires fondamentales en matière de confinement et de réversibilité.

Brevetabilité du microbiome des abeilles mellifères : des risques en matière d’équité, d’accès et de conservation

Les brevets récemment déposés sur des populations microbiennes modifiées issues du microbiome des abeilles mellifères, y compris les demandes et les brevets accordés pour l’utilisation de bactéries intestinales génétiquement modifiées induisant une interférence ARN chez les abeilles, témoignent d’une expansion significative des revendications de propriété intellectuelle du vivant et des systèmes pollinisateurs. Bien qu’ils soient présentés comme des outils destinés à la santé des abeilles, ces brevets étendent en réalité le contrôle exclusif sur les fonctions biologiques d’Apis mellifera elle-même, soulevant ainsi de profondes questions sur la propriété, la dépendance et l’accès à ces espèces pour l’apiculture et la conservation.

Le brevetage du microbiome des abeilles risque d’entraîner des coûts et une dépendance pour les peuples autochtones et les apiculteurs locaux, en accroissant le risque de violation des brevets. Comme l’ont répété à maintes reprises les apiculteurs, notamment lors de forums internationaux tels qu’Apimondia, la brevetabilité des abeilles ou de leurs processus biologiques essentiels remet en cause le principe selon lequel les pollinisateurs constituent un patrimoine écologique commun et non une technologie privatisable.

Au-delà des questions d’équité, la perspective de la brevetabilité des « OGM dans la nature » risque d’éroder la confiance du public dans les efforts de conservation et de protection des pollinisateurs, en particulier lorsque les technologies sont développées dans le cadre de partenariats entre universités et entreprises, mais déployées dans des espaces communs. Des évaluations des risques transparentes et indépendantes, des voies de recherche ouvertes à tous, une participation significative des peuples autochtones et des communautés locales, ainsi que des cadres de gouvernance limitant explicitement l’accaparement et donnant la priorité à la gestion des écosystèmes sont donc fondamentaux pour que ces technologies s’alignent sur les objectifs de conservation de la nature, au lieu d’intensifier les asymétries de pouvoir existantes.

L’ingénierie du microbiome repose sur une concentration de la propriété intellectuelle qui risque d’influencer les prix et l’accès pour les apiculteurs amateurs, peuples autochtones et communautaires, mais aussi de restreindre la recherche dans le secteur publicSaukschmya T and Chugh A (2010) Intellectual property rights in synthetic biology: an anti-thesis to open access to research?, comme cela s’est déjà produit avec les brevets sur la protection des cultures par ARN interférentGerming, K., et al., Crop protection by RNA interference: a review of recent approaches, current state of developments and use as of 2013..

Sans garanties solides, la perspective de la présence d’OGM dans la nature risque d’éroder la confiance du public et de compromettre les efforts de conservation à plus grande échelle. Des évaluations des risques transparentes, solides et fiables, des essais indépendants, une participation significative des peuples autochtones et des communautés locales, ainsi que des systèmes de gouvernance qui privilégient l’équité et la gestion des écosystèmes doivent être des éléments fondamentaux, et non des considérations secondaires, si l’on veut que ces technologies s’alignent sur les objectifs de conservation.

Alternatives fondées sur les pratiques de conservation

La modification génétique du microbiome est encore expérimentale et principalement orientée vers la productivité plutôt que vers la protection de la biodiversité. Pour les abeilles domestiques, la priorité n’est pas de trouver de nouvelles solutions technologiques, mais de réévaluer le fonctionnement de l’industrie apicole. La densité des ruches devrait refléter la capacité de charge écologique (ressources disponibles sur le territoire), en particulier dans les zones riches en biodiversité et les environnements urbains. Les fonds publics seraient mieux utilisés s’ils étaient consacrés à la restauration des habitats, à la diversité des sources de nourriture et au soutien des pollinisateurs sauvages plutôt qu’à l’expansion de la production de miel. L’apiculture diversifiée et peu intensive peut jouer un rôle, mais uniquement dans le cadre d’objectifs de conservation plus larges.

En ce qui concerne la conservation des abeilles sauvages, les mesures les plus efficaces sont déjà bien établies : restaurer la quantité et la qualité des habitats, réduire les risques liés aux pesticides et améliorer la connectivité des paysages. Ces mesures, qui s’inscrivent dans le cadre de l’initiative de l’UE en faveur des pollinisateurs (2018), désormais connue sous le nom de « New Deal pour les pollinisateurs » (2023), devraient rester une priorité.

Les abeilles mellifères domestiques constituent une forme largement méconnue d’élevage intensif, souvent maintenues à des densités qui mettent à rude épreuve les écosystèmes. Les considérer comme des symboles de conservation occulte leur rôle dans la transmission d’agents pathogènes au sein des paysages partagés. De plus en plus de preuves soulignent le caractère non durable de ce modèle. En Californie du Sud, il a été démontré que les abeilles mellifères élevées en captivité éliminent jusqu’à 80 % du pollen disponible en une seule journée, épuisant ainsi gravement les ressources florales de plus de 700 espèces d’abeilles sauvagesTravis, D., et al., Pollen exploitation by non-native, feral honey bees: Potential consequences for interspecific competition.. À l’échelle mondiale, les abeilles mellifères introduites sont souvent impliquées dans la réduction des services de pollinisation des plantes indigènes et dans la prolifération d’espèces envahissantes Iwasaki JM and Hogendoorn K (2022).

La protection de la biodiversité nécessite de recentrer les efforts de conservation sur les pollinisateurs sauvages et les écosystèmes, tout en évaluant les pratiques d’élevage des abeilles mellifères, y compris celles reposant sur des technologies émergentes, sous l’angle de la responsabilité écologique et de la précaution.