La création de cette cellule au sein du gouvernement et en partenariat avec la FNSEA, le syndicat de l'agriculture conventionnelle, fait planer une menace intolérable sur ceux qui s'élèvent contre l'agro-industrie.
POLLINIS et Générations futures ont déposé un recours devant le tribunal administratif de Paris pour obtenir l'annulation de la convention de partenariat entre le ministère de l'Intérieur, la FNSEA et les Jeunes Agriculteurs permettant la mise en œuvre de la cellule Déméter.
